عوامل انهيار الوجود البرتغالي في آسيا خلال نهاية القرن السادس عشر أقام البرتغاليون نظاماً للحكم كان أحد الأسباب لانهيار إمبراطوريتهم حيث جمعوا السلطة في يد شخص نائب الملك في الهند الذي تمتع بسلطة مطلقة، وقد تشدد في معاملة الأهالي وابتزاز أموالهم.
تشدد البرتغاليين في احتكار التجارة، وتدمير التجارة العربية والهندية في المحيط الهندي.
رغبة البرتغاليين في نشر المسيحية، واستخدامهم العنف في ذلك مما خلق حركة كبيرة من المقاومة ضدهم في ذلك.
صغر حجم الدولة البرتغالية وضعف تكوينها السكاني.
احتلال البرتغال نفسها من قبل إسبانيا في عام 1580، بعد هزيمة جيشها في معركة وادي المخازن ضد المغرب الأقصي في عام 1579، ومقتل الملك البرتغالي وولي عهده.