صعوبات تتعلق بالمعلمين : " كعدم الإعداد الجيد لكثير من المعلمين للتعامل مع المرشد الطلابي في إطار العمل الفريقى أو عدم قناعتهم بهذا الدور، عدم وجود وقت كاف لدى المدرس للمشاركة في الأنشطة الاجتماعية ، وجود بعض الحساسيات بين المعلم و المرشد الطلابي ، عدم وجود الحافز المادي الذى يدفع المعلم للاهتمام بالجوانب غير التعليمية " .
--------------
صعوبات تتعلق بالمدرسة : " كقصور الموارد وضعف الميزانية المخصصة للإرشاد الطلابي بالمدرسة ، كثرة أعداد الطلاب بالمدرسة ، عدم توافر الكوادر البشرية اللازمة ، ق ص ر مدة اليوم الدراسي مما يؤثر على العمل الفريقي ، تركيز المعلمين على العملية التعليمية أكثر من اهتمامهم بالتعاون مع المرشد الطلابي ".
-------------
صعوبات تتعلق بإدارة المدرسة :" كاعتقاد بعض مديري المدارس أن التعليم هو الوظيفة الأساسية للمدرسة و بالتالى لا داعى لوجود المرشد الطلابي بالمدرسة أو استغلاله في سد النقص في تدريس بعض المواد أو الأعمال الإدارية .فهو ليس مهم في العمل الفريقي ".