من المشاكل التي تواجه استخدام نظام التخطيط الشامل لموارد المؤسسة erp:
١/ موافقة الموردين على استلام الطلبات الصادرة من النظام
٢/ ترابط وتكامل كل أنظمة المنظمة لتعمل معا
٣/ تحديد عدد قواعد البيانات التي يعمل عليها النظام
٤/ إقبال المستخدمين بشده على إقبال هذا النظام